protocols.h

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#ifndef PROTOCOLS_H
#define PROTOCOLS_H

#include <string>
#include <vector>

#include "interface/types.h"

class Command;

std::string format_simulator_input(
        const Epsilon& epsilon,
        const Parameter& parameter);

bool parse_simulator_output(const std::string& simulator_output);

Parameter parse_prior_sampler_output(const std::string& prior_sampler_output);

std::string format_perturber_input(int t, const Parameter& source_parameter);

Parameter parse_perturber_output(const std::string& perturber_output);

std::string format_prior_pdf_input(const Parameter& parameter);

double parse_prior_pdf_output(const std::string& prior_pdf_output);

std::string format_perturbation_pdf_input(
        int t,
        const Parameter& perturbed_parameter,
        const std::vector<Parameter>& parameter_population);

std::vector<double> parse_perturbation_pdf_output(
        const std::string& perturbation_pdf_output);

std::vector<Parameter> parse_generator_output(
        const std::string& generator_output);

Parameter sample_from_prior(const Command& prior_sampler);

Parameter perturb_parameter(const Command& perturber, int t, Parameter
        source_parameter);

double get_prior_pdf(const Command& prior_pdf, Parameter parameter);

std::vector<double> get_perturbation_pdf(const Command& perturbation_pdf,
        int t, const Parameter& perturbed_parameter,
        const std::vector<Parameter>& parameter_population);

#endif // PROTOCOLS_H